木质包装箱在使用的时候是要经过检疫部门检查的，特别是出口用的，要检查有害生物。
检疫发现木质包装箱无标识、标识不符合要求或截获活的有害生物的，检验检疫机构将监督货主或其代理人对木质包装实施除害处理或销毁处理，无有效处理方法的，连同货物一起作退运处理。
宽限期内，对已加贴IPPC专用标识的，进行抽查检疫，经查验发现活的有害生物的，对木质包装进行除害或销毁处理。对发现所加施IPPC专用标识不符合IPPC样式要求且经查验发现活的有害生物的，对木质包装进行除害或销毁处理。
对无IPPC专用标识的，向进口商或其代理人发出违规通知；经查验发现活的有害生物的，对木质包装进行除害或销毁处理。宽限期内，一般不采取退运措施。