实验室净化工程等级设计也很关键，一般的无菌室实验室洁净度等级都是万级，一般普通实验室则大范围十万级~万级的布局设计。生物实验室、阳性对照实验室以及微生物培养实验室则需按照静态百级的洁净室标准进行设计、施工。

万级无菌室有足够的存储空间摆放物品以方便使用。在实验室工作区域处还有供长期使用的存储空间。在实验室的工作区域处应有存放个人衣物的条件。在实验室所有的建筑内配备高压蒸汽自净器，并按期检查和验证，以保证符合要求。

在实验室内配备生物柜。设洗眼设施，必要时应有应急喷淋装置。考虑机械通风，如使用窗户自然通风，有防虫纱窗。有可靠的电力供应和应急照明。必要时，重要设备如培养箱、生物柜、冰箱等应设备用电源。实验室出口有在黑暗是可明确辨认的标识。

无菌室内设备和用具，无菌室内的工作台，不论是什么材质、用途的，都要求表面光滑和台面水平。在内室和外室各安装一个紫外灯(多为30W)。内室的紫外线灯应安装在经常工作的座位正上方，离地面2m，外室的紫外线灯可安装在外室中央。